Adversário dos "peripatéticos" (os que seguem a filosofia de Aristóteles), e em geral de toda a filosofia pagã, introduziu na Inglaterra a filosofia natural e a teosofia de Paracelso e de Cornélio Agripa. Tal como Paracelso, esforçou-se por formar um sistema de filosofia fundado na identidade da verdade espiritual e física.
Nos seus escritos notam-se as antigas doutrinas rosacrucianas que se consubstanciam nisto: o Universo e todas as coisas procedem de Deus – o princípio e o fim de todas as coisas, que a Ele retornarão. O acto de criação é a reparação do princípio activo (luz), do principio passivo (obscuridade) no seio da unidade divina (Deus).
Para ele, como para qualquer rosacruciano, a unidade de toda a vida é um facto indiscutível. A sua explicação do acto da Criação recorda-nos o princípio do evangelho de S. João, no qual este fala do papel que a Luz (Espírito) e as trevas (matéria) desempenham na Criação do Universo. Fludd diz que o universo consiste em três mundos: o arquetípico (Deus), o macrocosmo (o mundo) e o microcosmo (o homem). Este é o mundo em miniatura. Todas as partes de ambos se correspondem simpaticamente, actuando uma sobre a outra.
Com tais opiniões, dá-nos a entender que também para ele era certa a verdade do axioma hermético: "Como em cima é em baixo, e como em baixo é em cima". Diz ainda que é possível para o homem (e também para o mineral e para a planta) sofrer a transformação e obter imortalidade. Ora, isto não é mais que a expressão, por outras palavras, do princípio da evolução. O sistema de Fludd pode ser descrito como um panteísmo materialista apresentado em fórmulas místicas. Isto quer dizer unicamente que, para ele, o Universo material não é mais do que Espírito (Deus) cristalizado, sendo uma coisa vivente e o corpo de Deus, tal como o aprendemos na nossa Filosofia Rosacruz. Alegoricamente interpretado, o sistema de Fludd contém o significado real do Cristianismo, conforme o revelado ao homem primitivo pelo próprio Deus, transmitido a Moisés e aos patriarcas por tradição, e revelado pela segunda vez por Cristo. É notável a sua interpretação do fogo. Segundo Fludd o fogo contém: 1º – uma chama visível (corpo); 2º – um fogo astral invisível; 3º – um "espírito". Quando uma chama se extingue no plano material, não faz mais do que passar do mundo visível ao invisível. Com esta interpretação equipara-se aos Rosacruzes, que também foram chamados os "filósofos do fogo".
O primeiro emblema da Irmandade Rosacruz foi dado a conhecer em 1619, por Fludd, sob a forma de uma cruz com uma rosa ao meio, colocada sobre um pedestal com três degraus. Como bom rosacruz, Fludd mostra o equilíbrio entre o coração e a mente, que a nossa filosofia ensina ser absolutamente necessário para o desenvolvimento perfeito do homem e assim vemos que, apesar de ser um místico, eram também um homem de muitos e variados recursos, e nunca desdenhou as experiências científicas.
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A Rosa. Sempre a Rosa.